Generell ist das Problem keines, wenn man weiß, wo man suchen muss.

Also folgender Ausgangspunkt:
- apache2 ist installiert, php5 auch. -> zB.: phpmyadmin läuft und somit php auch korrekt.
- userdir ist auch aktiviert bei den mods
- aber trotzdem wir bei http://localhost/~username/index.php immer das file zum Download angeboten und nicht ausgeführt

komischer weise ist diese Funktion in der /etc/apache2/mods-available/php5.conf deaktiviert.
modifiziere das File so, das diese Zeilen mit # auskommentiert sind:

#    <IfModule mod_userdir.c>
#       <Directory /home/*/public_html>
#          php_admin_value engine Off
#       </Directory>
#    </IfModule>

abspeichern und mit sudo /etc/init.d/apache2 reload   den Server neustarten.
Jetzt sollte php im public_html Ordner korrekt funktionieren.